안녕하세요 @dodomam님!
전통 메주의 경우 볏짚의 잡균을 없앤 후 볏짚에 남아있는 미생물을 이용하여 발효하는 것이구요~ 일식 메주는 처음 부터 한 종류의 균을 인공적으로 넣어주는 점에서 차이를 갖습니다. 그러므로 잡균을 없애는 것은 수 많은 미생물이 남아있는 볏짚 사용 시 필요한 과정입니다!(일식 메주는 균이 없는 상태에서 인위적으로 황국균을 접종을 하기 때문에 처음부터 한 종류의 미생물만 자라게 됩니다!)

또한 낫또에 대하여 설명드리면, 낫또는 우리나라 청국장의 일본식 버전(?)이라고 생각하시면 됩니다!
일식 메주와 낫또는 같은 콩을 이용한 음식이지만, 접종하는 미생물이 다른데요?
일식 메주에는 황국균이라는 곰팡이를 사용하고, 낫또에는 고초균이라는 세균을 이용하여 발효한다는 점에서 차이가 있답니다~ 또한 숙성기간도 낫또가 훨씬 짧다는 차이가 있죠!