Nextcloud habe ich keine Erfahrung, aber Seafile wird z.B. von Luckycloud benutzt und stellt dabei eine Clientseitige Verschlüsselung zur Verfügung.

Bei einem lokalen Zugriff auf den Pi macht das keinen Unterschied, aber wenn Daten über dieses sogenannte Internet auf die Cloud geschrieben werden ist es ein weiterer Vorteil wenn sie bereits verschlüsselt sind (zumindest falls die Verbindung nicht verschlüsselt ist).

Update: Nextcloud hat anscheinend auch Clientseitige Verschlüsselung: Introducing Native Integrated End-to-end Encryption