Amigo, en principio es necesario que le coloques apellido a las estructuras del sistema nervioso, no se llama tallo, se llama tallo cerebral o cerebro reptil por la explicacion que comentas, la amigdala cerebral es UNA SOLA no dos y si efectivamente se encarga de regular las emociones, y esta conformada por 12 regiones llamadas áreas, cada una encargandose de funciones diferentes, respecto a la corteza cerebral esta estructura se encarga de hacer consciente las percepciones del entorno o los procesos nonioceptivos. Es decir cuando estas en alerta porque estas en peligro este estimulo no llega a la consciencia (corteza cerebral) para que tu sistema simpatico empiece a reaccionar, simplemente aumenta tu ritmo cardiaco, tus pupilas se dilatan y todas esas manifestaciones propias. Como sugerencia considera algunas referencias bibliograficas serias.