Estos temas son bastante interesantes, de verdad esto es una situación que no solo aplica para vacunas sino para el uso de medicamentos en general.

Si las vacunas tienen muchos años en nuestras sociedades, ¿Por qué hasta ahora es que sabemos sobre estos efectos secundarios?
Desde que las vacunas fueron implementadas es bien sabido la aparición de reacciones adversas comúnmente como fiebre, sudoración, debilidad e incluso convulsiones (las cuales también tienen papel para TODA especialidad farmacológica). Cave destacar que las vacunas tienen como activo una fuente biologica que si bien no suele estar viva tiene como objetivo estimular nuestro sistema inmunologico para que desarrolle las defensas necesarias (anticuerpos) y así destruir la bacteria, virus o toxina extraña.
En cuanto a la composición extra que le brinda estabilidad al producto (excipientes) son igualmente estudiados, pero se suele evaluar la relación riesgo-beneficio. Cuando un medicamento (sea cual sea su origen y naturaleza) es registrado en un país para poder ser implementado se deben hacer una serie de evaluaciones y registros de reacción de los pacientes, dependiendo de las reacciones y políticas el país podrá determinar si la sustancia debe ser reformulada o no, o en que condiciones y poblaciones puede ser administrado. Por ejemplo, el timerosal en algunos países está prohibido ser administrado a infantes.

Denunciamos públicamente empresas que utilizan mercurio y formaldehído en sus productos pero muy pocos reclaman que inyectamos esos componentes a niños y niñas desde los 2 meses de nacidos.
Habría que ver cual es el estado de estas denuncias, porque realmente compuestos que causan más daño que beneficio (en este caso a infantes) deberían ser reformulados o simplemente condicionar a qué población es administrado. Pero si la formulación de la vacuna aporta mayor rango de seguridad las autoridades sanitarias de cada país tomarán acciones sobre ello.

¿Por qué no se investigan las muertes causadas, presuntamente, por componentes dentro las vacunas?
Las autopsias son las que aportan esta información pero para saber si ha sido un componente en especifico de la vacuna y detectarlo como un problema de salud publica deben haber muchas autopsias (un número considerable) revelando los mismos resultados. Mientras se descartan cuadros alérgicos, inmunodepresión , etc.

¿Por qué los mismos laboratorios que hacen las pruebas con nuevas vacunas antes de salir al mercado son los mismos que se encargan de distribuirlas (venderlas)?
Para que un medicamento nuevo salga al mercado claramente debe realizar una serie de estudios en animales y humanos, esto tarda años de desarrollo y mucho financiamiento. Los que financian estos estudios (en su mayoría) son los grandes laboratorios de la industria farmacéutica, con el fin de tener la patente comercializarlos. Lo cual no pueden hacer si los estudios no son prometedores o los cierran y multan pues los procesos de aprobación y verificación para poder aprobar la producción y distribución de un medicamento a la población es bastante riguroso y más si se trata de un producto nuevo (categoría A) o biológico que deben de analizar desde cero.

Todo se trata de una relación riesgo-beneficio. Un ejemplo grande de ello es la administración de medicamentos oncologicos, donde su principio activo es tan toxico para el ser humano que puede causar hasta la muerte por una mala dosificación, pero el riesgo-beneficio es más alto.