Lara emprende una expedición en el barco “Endurance”, con la intención de encontrar el reino perdido de Yamatai, se dice que hace muchos años la gobernadora de dicho reino llamada “Himiko” tenia poderes sobrenaturales los cuales los usaba para liderar a su pueblo, no faltaría que la vieran como una diosa o alguna especie de deidad, a lo largo de los años correrían leyendas de este reino perdido al sur de Japón. Una tormenta termina por hacer naufragar a los tripulantes, Lara y su equipo terminan separados, esta es secuestrada por alguien misterioso que la lleva a una cueva llena de cuerpos descompuestos y extraños residuos de sacrificios humanos.