Intervengo in italiano perché non sono sicuro col mio inglese.
Innanzitutto ti ringrazio per il post, davvero molto bello.

Parto dalla tua domanda finale:
Esiste un metodo scientifico per calcolare il comportamento morale? Penso che per rispondere a questa domanda dovrebbe esserci un accordo unanime sul significato di comportamento morale e questo ad oggi non c'è e la domanda diventa simile a quest'altra: esiste un metodo scientifico per giudicare la qualità artistica di un'opera d'arte? E la mia risposta sarebbe la stessa. Non è detto che si trovi un accordo in futuro ma per ora non mi pare sia così.
Faccio un esempio positivo (di dove c'è accordo), alla domanda: esiste un metodo scientifico per misurare un'area rettangolare? La risposta sarebbe sì, ma l'unico modo per dare una risposta affermativa è avere pieno accordo sul significato (e procedura, le due cose vanno a braccetto) di metodo scientifico, misurazione, area rettangolare, strumento di misurazione come il metro, ecc. Vale a dire di tutte le componenti in gioco.

L'esempio della bomba atomica, secondo me, pone dei problemi.
Ad esempio: sei sicura che l'utilizzo della bomba atomica non sia avvenuta in virtù di considerazioni morali? Cioè, chi ha deciso di utilizzare la bomba atomica si è chiesto se la cosa fosse giusta o no? E non si è risposto che era giusto farlo per qualche motivo? Oppure si è lasciato semplicemente travolgere dagli avvenimenti?

Io penso che sulla bomba atomica sia i favorevoli che i contrari seguono alcuni principi etici (seppur diversi), i primi dicendo (forse, ma mi pare che questa sia stata la loro motivazione) è giusto uccidere tot persone per salvarne molte di più facendo terminare la guerra e i contrari dicendo che nessun obiettivo può giustificare la bomba atomica. La contrapposizione è tra principi etici diversi sulla cosa più giusta da fare al momento.

Quello che dice nietzsche è, secondo me, un mettere in guardia dalla morale che diventa consuetudine, questa funziona come il pregiudizio, vale a dire il pregiudizio ci aiuta a comportarci in modo veloce ed ottimale in certe circostanze, se incontro una persona con fare sospetto di notte in strada io mi metto sulle difensive perché ciò potrebbe risultare una minaccia, e per questo motivo (per sfruttare il pregiudizio) un malintenzionato potrebbe ad esempio travestirsi da prete per abbassare il livello di guardia delle persone.

Ma abituarsi a valutare il mondo attraverso i pregiudizi o giudicare il mondo attraverso la morale ci rende stupidi proprio perché risulta una semplificazione che va bene in molti casi ma non sempre, che ci abitua a dare meno tempo alle domande e più spazio all'azione... e sopratutto oggi - che l'occidente segue principi etici e morali dal mio punto di vista non condivisibili - io sono pienamente d'accordo con te:

bisogna reinventare la nostra condotta morale e basarla su altri valori senza abbandonare l'Etica tout court .