я наверно не очень верно представляю твою конструкцию труб и место, где зверьки в них попадают. Просто, если это открытое отверстие, его можно перекрыть крупной сеткой для свободного протока воды, но в тоже время достаточно мелкой для прохода зверьков. Просто сеткой перекрыть трубу.