" Hier ist keine Ausnahme definiert :-) "
Das ist richtig. In der Praxis ist es wohl dennoch so, dass Anweisung in einzelnen Fällen die absolute Ausnahme sind. Zumindest meinte das meine ausbildende Richterin. Sie wusste nur von einem Fall, in dem das problematisch war. In den nächsten Wochen bekomme ich bei der Staatsanwaltschaft einen Einblick, da kann ich bei meiner zuständigen Staatsanwältin ja einmal nachfragen :)

"Wenn der Vorgesetze demnach etwas fordert, was nicht zwingend dem Gesetz folgt, muss der Staatsanwalt gehorschen."
Im Grundsatz stimmt das wohl. Die Grenze ist spätestens die offensichtliche Rechtswidrigkeit. Wie @hatoto beschrieben hat, können das Strafvereitelung im Amt bzw. Verfolgung Unschuldiger sein.

"Der Richter ist unabhängig, der Staatsanwalt nicht. Nach meinem Rechtsempfinden passt das nicht zusammen, um dem Recht insgesamt Eigenständigkeit zu verleihen."

Mich würde interessieren, wie das in anderen Ländern ist. Die Befürchtung, die ich habe, ist, dass es dann Zufall ist, welchen einzelnen Staatsanwalt man hat, ob ein Verfahren eingestellt wird oder nicht. Das fände ich ziemlich problematisch.